Die Fassade

Die strenge Fassade  unter den robusten Strebepfeilern erhält seine Leichtigkeit durch die Zinnen und den zwei hohen, schmalen Fenstern sowie durch die beiden Uhren auf jeder Seite. Die Vertikalität wird unterbrochen durch die horizontale Anordnung der Veranda mit den Fresken in den Lünetten, wo die Geschichte der Wallfahrtskirche und die Leben berühmter Personen dargestellt sind. Die Grabsteine erinnern an historische Ereignisse (Pest, Federico II. Gonzaga, die Schlacht von Curtatone). Das Renaissance-Portal trägt die Inschrift "für die Königin des Himmels." Darüber befindet sich das Bild der Jungfrau mit dem Kind von Andrea Mantegna und steht symbolisch für die Zentralität Gottes, auch wenn sich das Heiligtum der Madonna widmet.

Das Schiff und das Tragwerk

Die architektonische Struktur besteht aus einem einzigen Schiff mit drei unterschiedlichen Spannweiten und Kreuzgewölben, ausgeschmückt mit der Madonna und dem Kind, der Sonne und dem Mond (Symbole Christi, Tag oder Nacht, Gut und Böse). In dem ersten Gewölbe hängt in Ketten "das Krokodil", dessen Herkunft unklar ist, jedoch mit offensichtlicher Bedeutung: ein Symbol für den Teufel und dass Gott das Böse überwindet.

Das originelle, bizarre und faszinierende der Wallfahrtskirche ist das Holz-Tragwerk, das mit Doppelbögen die Wände schmückt. Es ist einzigartig in der Welt und wurde von dem Franziskaner-Mönch Francesco da Acquanegra im Jahr 1517 gebaut. Es besteht aus Öffnungen mit zahlreiche anatomische Votiv-Gaben in Wachs (Hände, Augen, Nebenhöhlen in einem Zeichen der wundersame Heilungen) und aus Nischen geschmückt mit Statuen aus Holz, Stoff und Papier (berühmte Pilger einer Gnade flehend oder eine Gnade erhaltend).

Linkskapellen 

Sant'Ippolito Kapelle, wurde in der Mitte des 16. Jahrhunderts errichtet.
Die Kapelle von Sant'Antonio von Padua.
Die Kapelle von St. Gabriele, die in alten Zeiten zu den Strozzi in Florenz gehörte.
Die Kapelle von San Sebastiano.
Die Kapelle von San Girolamo.

Das Presbyterium

Der Raum über der Balustrade ist von Giulio Romano.
Bemerkenswert:
- Das Fries mit den Putten,
- Die Apsis mit Girlanden in der Mitte und einer Taube, das Symbol des Heiligen Geistes,
- Die Lünetten mit der Verherrlichung Marias und der Propheten Daniel, David, Moses und Jesaja, und mit Sätzen aus dem Alten Testament,
- Der Altar, restauriert nach dem Schaden eines Hurrikans in 1733,
- Der Tempel, mit der Ikone der Jungfrau und dem Kind.


Rechts

Die Kapelle von Mater Gratiae. Dies ist der Ort der antiken Kapelle, wo bis 1932 das verehrte Bild der Mutter Gottes lag. Zahlreiche Votiv-Gaben hängen an den Wänden.

Die Kapelle von San Francesco führt in  die neue Sakristei.

Die Sakristei aus dem Jahr 1642.
Das Kloster ist das einzig erhaltene der vier Originale. Die Lünetten erzählen das Leben von San Francesco. Hier befindet sich der Brunnen mit der Inschrift lesbar in beide Richtungen: TIBI sitis / sitis IBIT.
Der Korridor aus Platten. Er beherbergt über hundert Votivtafeln und eine der wertvollsten Schätze, den Schrein.
Die erste Sakristei in gotischer Architektur.
Die Kapelle von Santa Caterina.
Die Kapelle von San Lorenzo.
Die Kapelle von San Bonaventura von Giulio Romano beherbergt das Mausoleum von Baldassarre Castiglione.
An den Besuch von Papst Johann Paul II im Jahr 1991 erinnern Tafeln neben dem Eingang und im Rasen vor dem Heiligtum, ebenso die Bronze-Büste von Andrea Jori.