Il Santuario, voluto dalla famiglia dei Gonzaga, è stato disegnato da Leon Battista Alberti e realizzato dal discepolo Luca Fancelli nel 1460. E' collegato da un corridoio alla Cattedrale precedente quella attuale, costruita da Giulio Romano e terminata nel 1594. Vi si venera un'immagine di Maria con in braccio il Bambino Gesù, risalente al 1000 circa, anche se dell'immagine originaria rimane poco. Chiamata anticamente S.Maria dei Voti, oggi è l'incoronata. Il titolo le è stato attribuito nel 1630, quando venne costruita davanti a quest'immagine una Madonna vestita con gli abiti delle dame di corte Gonzaga. La solenne incoronazione infatti fu promossa dalla principessa Maria Gonzaga che, mentre incombeva il pericolo della rottura degli argini del Po,  pose sotto la specialissima protezione di Maria i suoi Stati di Mantova e del Monferrato.

La cappella dell'Incoronata è di sitle romanico, con volta decorata con otto medaglioni a fresco di Scuola mantegnesca, con archi rotondi non interrotti da cornici o capitelli. Alle pareti frammenti di affreschi di Scuola di Giulio Romano, una tela di Battista del Moro raffigurante S. Maria Maddalena e affreschi del '600 attribuiti all'Andreasino. Uno raffigura la Pentecoste (Maria tra gli Apostoli), un altro il transito di Maria. Annesse alla Cappella, all'ingresso, due cappelline laterali in cui si conservano, visibili al pubblico, i corpi di sei Santi mantovani. L'incoronazione avvenne con singolare solennità il 28 novembre 1640.

Solitamente chiamata cappella, di fatto è una chiesa distinta dal duomo, nata come Santa Maria dei Voti e oggi Santuario della Beata Vergine Maria, Incoronata Regina di Mantova. La storia del sito risale per tradizione a Sant'Anselmo, cui la Vergine avrebbe promesso protezione per la città, parlandogli da un'immagine affrescata lungo il corridoio tra la cattedrale dedicata a San Pietro e la parallela chiesa di San Paolo. A partire dal 1477 si sparse la voce che davanti a quell'immagine si ottenessero miracoli: cominciarono allora ad affluire cospicue offerte votive (di qui il nome di Santa Maria dei Voti), incrementate nel 1481 in occasione di una disputa teologica svoltasi alla presenza del marchese Federico I e del popolo. Il francescano, poi beato, Bernardino da Feltre e il domenicano, poi generale dell'Ordine, Vincenzo Bandello disputarono sul tema dell'immacolata concezione di Maria; la giuria decretò la vittoria di Bernardino, difensore del privilegio, e la decisione fu densa di conseguenze: tra le altre, il papa Sisto IV emise una bolla a sostegno del futuro dogma, e in sede locale fu deciso di costruire una chiesa in onore della Vergine. Con le offerte pervenute, la chiesa fu subito avviata nell'area dell'antica immagine, anche per valorizzarla con una più degna collocazione, e ne fu dato incarico all'architetto di corte, il toscano Luca Fancelli.
Il suo progetto può essere interpretato così: la sagrestia della cattedrale, esistente da circa mezzo secolo, doveva essere intesa come la navata di un nuovo tempio, di cui egli edificò il transetto con la breve abside in cui si trovava - proprio di fronte alla navata - l'immagine da onorare. Ma la parete di comunicazione tra il vecchio e il nuovo ambiente non fu abbattuta; il vecchio rimase sagrestia e il nuovo, spostata la sacra immagine a capo di quello che doveva essere il braccio destro del transetto, divenne la nuova chiesa mariana, con accesso dal duomo attraverso il tratto superstite del corridoio. Successivamente è invece la cappellina di sinistra, aperta nell'area della scomparsa chiesa di San Michele (ne restano tracce nell'adiacente seminario) voluta da Matilde di Canossa come mausoleo per il padre, il marchese Bonifacio. Del 1640 è un episodio che mutò nome alla chiesa. Dopo il saccheggio e la peste del 1630, che avevano prostrato la città e il suo territorio, la principessa Maria Gonzaga, reggente del ducato, volle affidare se stessa, la dinastia e lo stato alla protezione della Vergine: fatta eseguire un'immagine mobile omologa di Santa Maria dei Voti, dispose che fosse portata in processione per le vie della città e solennemente incoronata, nella Basilica di Sant' Andrea, come Regina di Mantova. Da allora la chiesa e l'immagine affrescata di Santa Maria dei Voti furono denominate dell'Incoronata, e ne fu fissata la festa annuale la prima domenica dopo San Martino (cioè dopo l'11 novembre). In questa occasione, ma anche durante il mese di maggio tradizionalmente dedicato alla devozione mariana, in duomo viene esposta l'immagine mobile dell'Incoronata, rivestita di sontuosi abiti seicenteschi. L'anno 1840, secondo centenario dell'incoronazione, la chiesa fu sottoposta a un consistente intervento anche strutturale, in particolare nella cupola. Fu aggiunta allora la cappellina di destra, nella quale, insieme con quella di fronte, fu data conveniente collocazione ai corpi dei santi traslati nella cattedrale da chiese soppresse. La cappellina della Santa Croce prende il nome dal simbolo cristiano per eccellenza collocato in evidenza sull'altare , al di sopra di un gentile affresco raffigurante la Madonna col Bambino e San Leonardo. L'affresco reca la data 1482: risale pertanto alle origini del Santuario. Sotto la mensa dell'altare è il corpo del beato Giacomo Benfatti, teologo domenicano, professore all'università di Parigi, vescovo di Mantova nel delicato periodo di trapasso dalla signoria dei Bonacolsi a quella dei Gonzaga. Festa, il 19 novembre. Per volontà del vescovo Corti, il beato porta la stola di Don Enrico Tazzoli, il capofila dei martiri di Belfiore, che si era attivamente interessato ai lavori del 1840. Nall'urna alla parete sinistra sono i resti del beato Marco Marconi °(1480-1510), religioso nel convento dei Girolamini che sorgeva nell'area del Migliaretto; festa, il 21 febbraio. Nell'urna di contro, sormontata da un'immagine devozionale modellata nel 1950 da mons. Luigi Bosio (cui si deve anche quella del Beato Marco), i resti della terziaria domenicana Caterina Carreri, cui la tradizione dà il titolo di Venerabile. La cappellina di fronte è denominata di San Celestino o anche del beato Giovanni Bono, i cui resti sono sotto la mensa dell'altare. Giovanni, nato a Mantova nel 1168, fino ai quarant'anni condusse una vita sregolata e vagabonda come giullare; convertitosi, si ritirò in eremitaggio presso Cesena, per trasferirsi a Mantova in prossimità della morte, avvenuta nel 1249. Appunto nel suo pio transito lo raffigura, davanti alla Madonna col Bambino, San Celestino e altri santi, la pala dell'altare, eseguita nel primo Ottocento dal mantovano Antonio Ruggeri. La festa di questo beato cade il 16 ottobre. Le urne laterali accolgono i corpi di due beati carmelitani, vissuti quasi contemporaneamente nel convento di via Pomponazzo, e accomunati anche nella festa, il 5 dicembre. Sono Bartolomeo Fanti e Battista Spagnoli. Il primo, morto nel 1425, si prodigò nel diffondere il culto eucaristico e la devozione alla Madonna. Il secondo (1447-1516), più che per le indiscusse virtù è noto come umanista e poeta latino: in questa veste ebbe per tutto il secolo XVI fama europea; chiamato "il Mantovano" per eccellenza, fu amico dei maggiori letterati italiani; Erasmo da Rotterdam lo definì "il Virgilio cristiano" e alcuni suoi versi furono citati anche da Shakespeare. Sopra l'altare centrale, come incorniciata da un'ancona lignea del 1840 in cui si custodiscono numerose reliquie, è l'immagine originaria della Madonna col Bambino, che fa di questa chiesa uno dei santuari mariani della diocesi. L'immagine, a fresco, è stata oggetto di ripetuti e non sempre felici interventi di restauro, sicché appare oggi di difficile datazione; in base allo schema compositivo, che presenta particolari ancora riferibili alla pittura bizantina, si potrebbe ipotizzare un'origine duecentesca. Per un certo periodo e sino al 1840 la sacra immagine fu coperta, all'uso orientale, da una lamina in metalli preziosi che lasciava scoperti soltanto i volti; peraltro l'immagine stessa era visibile solo in rare occasioni, essendo nascosta, insieme con il reliquiario circostante, dietro un grande velario, commissionato dal venerabile a Francesco Borgani e raffiguarnte la Santissima Trinità con la Madonna, cui Sant'Anselmo raccomanda la città di Mantova. La tela è perduta; ma forse ne è rimasta traccia in una stampa ottocentesca. A destra dell'altare cenotafio con ritratto del vescovo del risorgimento, Giovanni Corti, opera del mantovano Pasquale Miglioretti; a terra, sepolcro di eleonora d'Austria, sposa del duca Guglielmo Gonzaga, con i resti qui traslati dalla chiesa della Trinità. Nella volta sopra l'altare e alle pareti laterali, tre affreschi del Ghisi e dell'Andreasino, eseguiti al tempo di quelli in cattedrale e raffiguranti tre scene relative alla Vergine: la Pentecoste, il suo Transito e l'Assunzione al cielo. Sotto il Transito, a lato della porta è la nera lastra sepolcrale del marchese Bonifacio, padre di Matilde di Canossa. (Mons. Roberto Brunelli)

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