Les origines du Sanctuaire remontent à peu près de l'an Mille lorsque une petite chapelle fut érigée par la pitié populaire. Là fut placé un tableau de la Vierge et l'Enfant.

Les pauvres habitants du bourg, pour se procurer la nourriture faite à ces jours là par les poissons du lac et les oiseaux sauvages, tous les jours allaient avec leurs bateaux  le long des marais du Mincio et, étant dévots à l'image sacrée, lui s'adressaint pour demander des grâces. Bientôt les prières furent si assidues et la rénommée des miracles se répandit tellement que l'afflux des pèlerins dévint des flots; c'est ainsi qu'on décida de construire un oratoire dans le soin des frères franciscains.

En 1399 Francesco Gonzaga fit bâtir en cet endroit une imposante basilique comme ex-voto à la Vierge pour la cessation de la peste qui avait fait rage avec d'innombrables victimes. La tâche fut confiée à l'architecte Bartolino de Novare, pour la considérable somme de 30.000 écus d'or. Une inscription rappelle la peste, le veux et la construction du Sanctuaire.

La consécration du temple eut lieu le 15 août 1406, Fête de l'Assomption, par l'évêque de Crémone Nicolò Tinti avec une cérémonie solennelle en présence de Francesco Gonzaga, de l'évêque de Mantoue, Antonio degli Uberti et de Giovanni Zambotti, patriarche de Grado, la plus haute autorité spirituelle à Venise.

Aux quinzième, seizième et dix-septième siècles, le Sanctuaire a connu sa plus grande splendeur architecturale et artistique avec l'ajout d'une longue colonnade devant la façade, d'un grand couvent et de 4 cloîtres et 50 salles, une grande place à l'extérieur, dix chapelles sur les côtés, le couchis votif, les voûtes peintes, l'abside, un autel et une magnifique sacristie.

A la fin du XVIIIe siècle, le déclin commença, avec la suppression du couvent, l'expulsion des Franciscains, le déblaiement de la colline sur laquelle se trouvait l'église et le rétrécissement de la place. Il en suivit une période d'abandon et de dévastation à la suite de la bataille de Curtatone Montanara combattue en 1848.

En 1855 l'activité du Sanctuaire rèprit grâce à l'évêque Giovanni Corti et les pèlerins retournèrent à raviver les célébrations. En 1882, l'évêque Giuseppe Sarto, Saint-Pie X, appela les Franciscains et, en 1907, devenu pape, constitua le Sanctuaire «basilique mineure». La place des Franciscains fut prise par les Passionistes de 1905 à 1935; cette année  l'évêque Domenico Menna chargea des soins du Sanctuaire le clergé diocésain. Egalement il voulut des rénovations radicales et des améliorations afin de déterminer le passage du tableau de la Vierge et l'Enfant de la chapelle à droite au dessus du tabernacle dans l'autel central.

De récents travaux ont été effectués, y compris le redressement de la première sacristie et la restauration du couchis avec toutes les statues votives. 

Depuis 1973, le concours international des madonnari a lieu sur le parvis de l'église qui est dèvenu un lieu d'attraction pour les pèlerins venant de toutes les directions aussi  au-delà des limites de la diocèse. On doit enregistrer, enfin, le pèlerinage du Pape Giovanni Paolo II, qui a accepté l'invitation de Mgr Egidio, et ici, a conclu sa visite à la diocèse de Mantoue en 1991.