Die Ursprünge der Wallfahrtskirche gehen etwa auf das Jahr 1000 zurück, als aus  Volksfrömmigkeit eine  Kapelle erbaut wurde, in deren Inneren man ein Bild von der Jungfrau mit dem Kinde anbrachte.
Täglich gingen die Fischer zum See, um zu jagen und zu fischen. Mit ihren Booten  fuhren sie in den Sumpf der Mincio. Ihnen wurde das heilige Bild gewidmet. Sie erzählten Wunder und Gnaden und Mengen von Pilgern kamen an. So war eine Kapelle in der Obhut der Franziskaner erschaffen.
Im Jahre 1399 baute Francesco Gonzaga eine imposante Basilika an diesem Ort als ex voto für die Beendigung der Pest. Für die Realisierung wurde der Architekt Bartolino da Novara beauftragt und kostete 30.000 Goldkronen. Eine Inschrift erinnert noch an die Pest und an den Bau der Wallfahrtskirche.
Am 15. August 1406, dem Fest der Mariä Himmelfahrt, weihte Bischof  Nicolò Tinti mit einer feierlichen Zeremonie die Basilika ein in Anwesenheit von Francesco Gonzaga, Antonio degli Uberti - Bischof von Mantua - und Giovanni Zambotti, dem Patriarchen von Grado und höchste geistliche Autorität von Venedig.
Zwischen dem fünfzehnten und siebzehnten Jahrhundert genoss das Heiligtum den größten architektonischen und künstlerischen Glanz mit der Erweiterung einer langen Kolonnade, eines großen Klosters mit Kreuzgang und 50 Zellen, eines weiteren Kircheplatzes, zehn Kapellen, vielen Votiv Fresken, der Apsis, eines neuen Altars und der wunderbaren Sakristei.
Am Ende des achtzehnten Jahrhunderts begann der Niedergang mit der Unterdrückung des Klosters, der Vertreibung der Franziskaner, die Ausgrabung des Hügels, auf dem die Kirche stand und die Verkleinerung des Platzes. Es folgte eine Zeit der Vernachlässigung und Zerstörung,  aufgrund der Schlacht von Curtatone e Montanara (1848).
Das Leben der Wallfahrtskirche erwachte wieder durch den Bischof Giovanni Corti im Jahre 1855, als die Pilger zu den Feierlichkeiten wiederkamen. Im Jahr 1882 rief der Bischof Giuseppe Sarto (S. Pius X.) die Franziskaner und die Kirche erhielt den Ehrentitel "Basilica minor". Die Franziskaner nahmen die Passionisten von 1905 bis 1935 auf, bis der Bischof Domenico Menna das wichtigste Heiligtum der Diözese an den Diözesen Klerus gab. Er führte auch radikale Erneuerungen und Verbesserungen durch und brachte  das Bild der Madonna mit Kind über dem Hauptaltar an. Seit 2004 befindet sich das Grab von Bischof Menna in der Kapelle der heiligen Caterina.
In den letzten Jahren wurde eine bedeutende Arbeit mit der Aufwertung der ersten Sakristei und der Restaurierung aller Statuen durchgeführt. Seit 1973 gibt es an dem Platz einen internationalen Wettbewerb der Madonnari und viele Pilger kommen an. Eine sehr berühmte Pilgerfahrt war am 22./23. Juni 1991, der Besuch von Papst Johann Paul II.